با نزدیک شدن پایان سال ۱۹۹۹ و مهلت تعیین شده برای اجرای راه حل نهایی طبق توافق نامه اسلو و به دلیل اتلاف وقت و توقف مذاکرات بین طرفین فلسطینی و صهیونیستی پس از نشست کمپ دیوید، نا امیدی سراسر فلسطین را فرا گرفت.

ادامه دادن سیاست دستگیری، ترور، حمله به منازل فلسطینیان و ممانعت از آزادسازی اسرای فلسطین توسط صهیونیست‌ها به همراه ادامه شهرک سازی و کمتر شدن احتمال بازگشت پناهندگان و عقب نشینی اسرائیل به مرزهای ۱۹۶۷ باعث شد فلسطینیان به این نتیجه برسند که مذاکرات صلح برای رسیدن به استقلال ملی بی فایده است.

سرانجام در ۲۸ سپتامبر سال ۲۰۰۰، آرین شارون به همراه ۶۰۰ نظامی وارد مسجد الاقصی شد. در پی این ورود و به حرمتی، اعتراضاتی در فلسطین شکل گرفت.

در آن زمان درگیری‌های شدیدی در شهر اشغالی قدس آغاز شد که خیلی زود به تمامی شهرهای کرانه باختری و باریکه غزه نیز سرایت پیدا کرد و نام 'انتفاضه الاقصی' به خود گرفت.

دو روز بعد، شهادت دردناک محمد الدره در کنار پدرش اتفاق افتاد که با پخش تصاویر آن در تاریخ ۳۰ سپتامبر ۲۰۰۰ از تلویزیون فرانسه که به خوبی صحنه‌های ترور این کودک را در کنار پدرش در پشت یک مانع بتنی در خیابان صلاح الدین در جنوب شهر غزه به تصویر کشید، آتش انتفاضه دوم برافروخته‌تر شد.

ترور این کودک فلسطینی توسط ارتش رژیم صهیونیستی، احساسات خشم ملت فلسطین را در نقاط مختلف برانگیخت و باعث راه اندازی تظاهرات خشم و وقوع درگیری میان نظامیان ارتش اسرائیل و شهروندان فلسطینی شد که در پی آن ده‌ها نفر از آنها شهید و یا زخمی شدند.

این انتفاضه که پنج سال طول کشید، باعث به شهادت رسیدن ۴۴۱۲ فلسطینی و ۵۰ هزار مجروح شد و در طرف مقابل نیز ۱۰۶۹ صهیونیست به هلاکت رسیده و ۴۵۰۰ نفر دیگر زخمی شدند و ۵۰ تانک اسرائیلی نیز نابود شد.

در این انتفاضه ۱۳۵ عملیات شهادت‌طلبانه از سوی مقاومت رخ داد و رحبعام زئیفی، وزیر گردشگری وقت رژیم صهیونیستی به دست مبارزان جبهه خلق برای آزادی فلسطین، ترور شد که اسرائیل در پاسخ به آن، ۷۰۰۰ خانه و ۳۰۰ مدرسه در کرانه باختری و نوار غزه را تخریب کرد.

شارون در آن زمان سعی در ترور شمار زیادی از رهبران درجه یک احزاب سیاسی و گروه‌های نظامی مقاومت فلسطین را داشت تا شعله‌های انتفاضه اقصی را خاموش کند.

وی قصد داشت گروه‌های مقاومت و در رأس آنها مجموعه شهید ابو علی مصطفی دبیر کل جبهه خلق را تضعیف کند و از سوی دیگر، شیخ احمد یاسین بنیانگذار جنبش مقاومت اسلامی (حماس) را ترور کند که موفق به انجام این کار هم شد.

گروه‌های مقاومت فلسطین در جریان انتفاضه دوم درصدد توسعه شاخه‌های نظامی خود برآمدند و گردان‌های شهید عزالدین قسام شاخه نظامی جنبش حماس سلاح‌های مورد استفاده خود را توسعه داد و توانست موشک‌هایی تولید کند که با استفاده از آنها شهرها و شهرک‌های صهیونیست نشین را هدف قرار دهد.

شهرک اسدوت در جنوب فلسطین اشغالی، آماج نخستین موشک بومی گردان‌های قسام قرار گرفت و یک سال پس از آغاز انتفاضه الاقصی و در تاریخ ۲۶ اکتبر سال ۲۰۰۱، نخستین موشک بومی این گردان‌ها به سمت این شهرک شلیک شد و پس از آن قدرت موشکی این گردان‌ها خیلی زود توسعه پیدا کرد و مبارزان قسام توانستند بزرگترین شهرهای صهیونیست نشین را هدف قرار دهند.

انتفاضه دوم فلسطین بالاخره در تاریخ ۸ فوریه سال ۲۰۰۵ و با توافق آتش بسی که میان طرفین فلسطینی و صهیونیستی در اجلاس شرم الشیخ امضا شد، خاموش شد، اما ناظران بر این باورند که با توجه به عدم دستیابی طرفین به هیچ گونه راه حل سیاسی و تداوم درگیری‌ها در شهرهای کرانه باختری، این انتفاضه همچنان ادامه دارد.