با وجود آن‌که وی از فقر بسیار برخوردار بود، هرگز از وجوهات شرعی استفاده نمی‌کرد و از راه حق‌الزحمه‌ای که بابت نوشتن سند برای مردم دریافت می‌کرده و ادارۀ یک دفتر ازدواج و طلاق، زندگی خود را تأمین می‌کرد. وی دارای دو دختر و پنج پسر، به نام‌های محمدعلی، مرتضی، محمدباقر، محمدتقی و حسن بود.ایشان ذوق شعری داشته و دفتری شامل هزار بیت شعر از وی بر جای مانده است. وی در سال 1350 ﻫ ق در سن 101 سالگی فوت می‌کند.

دوران کودکی

مرتضی از همان دوران کودکی فردی باهوش بود و چون بازیگوشی‌های دوران کودکی در او دیده نمی‌شد، هم‌بازی‌های وی گلایه داشتند که چرا با آن‌ها بازی نمی‌کند. همین امر موجب نگرانی پدر و مادر او شد؛ زیرا گمان می‌کردند که وی دچار برخی مشکلات روحی شده است.
علاقه به کتاب از پنج‌سالگی در مرتضی نمایان شد. در همان سن و سال به کتابخانه پدر می‌رفت و نظم کتاب‌ها را به هم می‌ریخت. برادرش درباره آن روزها چنین می‌گوید:
«مرتضی در حدود پنج سال سن داشت که خیلی به کتاب علاقه‌مند بود و به کتابخانۀ پدرم می‌رفت و کتاب برمی‌داشت. پدرم خیلی کتاب داشت و آن‌ها را با سلیقه طبقه‌بندی کرده بود و اگر به هم می‌خورد، ناراحت می‌شد. تا پدر از اتاق بیرون می‌رفت، مرتضی به سراغ کتاب‌ها می‌رفت و چون اغلب کتاب‌ها بزرگ بودند و او زورش نمی‌رسید، روی زمین می‌افتادند. پدر عصبانی می‌شد و می‌گفت: جلو این بچه را بگیرید. مادرم می‌گفت: خوب، بچه به کتاب علاقه دارد، او را به مکتب بفرست، پدرم می‌گفت: آخر سنّش اقتضا نمی‌کند.
بالاخره او را به مکتب فرستادند. صاحب مکتبخانه، آقایی به نام شیخ علی‌قلی بود. مرتضی اشتیاق فراوانی به درس داشت. مادرم می‌گفت: تابستان بود. نیمه‌های ماه بود و هوا صاف و مهتابی. شب بیدار شدم و دیدم مرتضی در بستر نیست. نگران شدم و فکر کردم شاید به دستشویی رفته است. آنجا هم نبود. همه را بیدار کردم و همه جا را جست‌وجو کردیم. اوایل صبح، دیدم یکی از کشاورزان روستا او را بغل کرده و به خانه می‌آورد. پرسیدم کجا بودی؟ آن مرد گفت: من در کوچه می‌رفتم که دیدم این بچه پشت در مکتبخانه چمباتمه زده و سرش را روی زانویش گذاشته و کتابش را در بغلش گرفته و خوابش برده است. پرسیدم بچه! چرا رفتی؟ گفت: من بیدار شدم، دیدم هوا روشن است فکر کردم صبح است و باید به مکتبخانه بروم.» 

مرتضی تا دوازده‌سالگی در فریمان نزد پدر خویش مقدمات علوم اسلامی را فرا می‌گیرد. پس از چندی به مشهد می‌رود و به مدت دو سال در مدرسه ابدالخان همراه با برادر خود به تحصیل می‌پردازد.
بااینکه در این ایام، درس‌های مقدماتی را فرا می‌گرفت، اما در میان همکلاسی‌های خود، خوش درخشیده بود. برخی از دوستان او یاد دارند که در همان روزگار، طلاب بسیار با او به بحث و گفت‌وگو می‌پرداختند و از فضل وی بهره‌ها می‌بردند. دانش و پشتکار او در همین سنّ کم از او یک طلبۀ محبوب ساخته بود. پس از چندی درس را در حوزه مشهد ناتمام می‌گذارد و به فریمان بازمی‌گردد. جهت این بازگشت هم این بود که منزل پدرش را جهت عریض کردن خیابان، خراب کرده بودند و همین‌که باخبر می‌شود که اسباب و اثاثیۀ منزل به کوچه ریخته شده و خانواده در وضع بدی به سر می‌برند، ناگزیر می‌شود تا در سال 1314 به فریمان بازگردد و در آنجا به مطالعه کتاب‌های پدر خود بپردازد. مدت دو سال در فریمان به مطالعه آزاد مشغول می‌شود. بعدها اظهار می‌دارد که بیشتر مطالعات تاریخی وی مربوط به این دو سال بوده است.
در این سال‌ها یک سلسله پرسش‌هایی مربوط به جهان‌بینی، به‌ویژه مسئله خدا به ذهن او راه می‌یابد و مطالعۀ محدود او در زمینۀ مبدأ و معاد موجب علاقه‌مندی وی به فیلسوفان و عارفان می‌شود. چنان‌که خود می‌گوید:
«تا آنجا که من از تحولات روحی خودم به یاد دارم، از سن سیزده‌سالگی این دغدغه در من پیدا شد و حساسیت عجیبی نسبت به مسائل مربوط به خدا پیدا کرده بودم. پرسش‌ها البته متناسب با سطح فکری آن دوره، یکی پس از دیگری بر اندیشه‌ام هجوم می‌آورد...
به یاد دارم که از همان آغاز طلبگی که در مشهد مقدمات عربی می‌خواندم، فیلسوفان و عارفان و متکلمان هر چند با اندیشه‌هایشان آشنا نبودم- از سایر علما و دانشمندان و از مخترعان و مکتشفان- در نظرم عظیم‌تر و فخیم‌تر می‌نمودند، تنها به این دلیل که آن‌ها را قهرمانان صحنۀ این اندیشه‌ها می‌دانستم. دقیقاً به یاد دارم که در آن سنین که میان 13 تا 15 سالگی بودم، در میان آن‌ها، همۀ علما و فضلا و مدرسین حوزۀ علمیۀ مشهد، فردی که بیش از همه در نظرم بزرگ جلوه می‌نمود و دوست می‌داشتم به چهره‌اش بنگرم و آرزو می‌کردم که روزی به پای درسش بنشینم، مرحوم آقا میرزا مهدی شهید رضوی، مدرس فلسفۀ الهی در آن حوزه بود. آن آرزو محقق نشد؛ زیرا آن مرحوم در همان سال‌ها (1355 قمری) درگذشت.» 

سفر به قم
در سال 1315 ش، مرتضی تصمیم می‌گیرد تا جهت تحصیل عازم قم شود. روزی که بنا داشت تا همراه دایی خود، حاج شیخ علی، راهی قم شود، مادرش آینه و قرآن می‌آورد تا وی را از زیر قرآن رد کند. در این هنگام، یکی از روحانیون محله به نام سیّد علی صابری جهت بدرقۀ وی می‌آید. موقع خداحافظی خطاب به مرتضی می‌گوید: «انشاء الله می‌روید برنمی‌گردید!» مادر که از این سخن ناراحت می‌شود خطاب به او می‌گوید: مرتضی، مادر جان امروز دوشنبه است و 13 صفر، این آقا هم این جمله را بر زبان آورد، حالا نرو! مرتضی در جواب می‌گوید: مادر جان! این‌ها خرافات است. شما به این حرف‌ها توجه نکنید. با این کلام از خانواده خداحافظی می‌کند و با پول اندکی که پدر به او داده بود، راهی قم می‌شود. استاد خود دربارۀ سفر به قم چنین می‌گوید:
«در آن هنگام که پانزده، شانزده‌ساله بودم، دربارۀ هر چیزی فکر می‌کردم و راضی نمی‌شدم، الّا تحصیل علوم دینی. آن وقت‌ها فکر نمی‌کردم که با این اوضاع و احوال دینی چه فکری است. پانزده‌ساله بودم که به مشهد رفتم، بعد دوباره به محل خودمان برگشتم. در آنجا هم وضع سخت‌تر از جاهای دیگر بود. پدرم که روحانی و پیرمرد هفتاد، هشتادساله بود، او را به زور کشیدند و بردند و مکلّایش کردند. او هم از پشت‌بام برگشت و چون لباس به تن می‌کرد از خانه بیرون نمی‌آمد اما من هم، پا را در یک کفش کرده بودم که باید به قم بروم. در آن وقت، قم، مختصر طلبه‌ای داشت، حدود 400 نفر بودند.
مادر ما اصرار داشت قم نروم، چون فکرهایی داشت و می‌خواست ما را نگه دارد، لذا دایی ما را که خود اهل علم بود و ده بیست سال از من بزرگ‌تر بود، مأمور کرد تا ما را از رفتن منصرف سازد. او در سفری که با هم می‌رفتیم هر چه گفت من جواب منفی می‌دادم.» (5)
در سال‌های اول و دوم، مرتضی حجرۀ مناسبی پیدا نمی‌کند و به ناگزیر در یک اتاق نامناسب، در ضلع شرقی مدرسه فیضیه ساکن می‌شود. فقر در این ایام او را دچار سوءتغذیۀ شدید می‌گرداند. سید صدرالدین صدر جهت معالجه او را به بیمارستان نکویی قم می‌برد. پس از مدتی سلامتی خود را باز می‌یابد و به تحصیلات خود ادامه می‌دهد.
در آغاز طلبگی در قم دوباره پرسش‌های مربوط به جهان‌بینی به ذهن راه می‌یابد. هجوم این اندیشه‌ها به‌گونه‌ای بوده که میل به تنهایی و تفکر در خلوت را در او بیدار می‌سازد. به گفتۀ خودش:
«در سال‌های اول مهاجرت به قم که هنوز از مقدمات عربی فارغ نشده بودم، چنان در اندیشه‌ها غرق بودم که شدیداً میل به تنهایی در من پدید آمده بود. وجود هم‌حجره‌ای را تحمل نمی‌کردم و حجره فوقانی عالی را به نیم‌حجره‌ای دخمه مانند تبدیل کردم که تنها با اندیشه‌های خودم به سربرم. در آن وقت نمی‌خواستم در ساعات فراغت از درس و مباحثه به موضوع دیگری بیندیشم و در واقع، اندیشه در هر موضوع دیگر را بیش از آن‌که مشکلاتم در این مسائل حل گردد بیهوده و اتلاف وقت می‌شمردم. مقدمات عربی و یا فقهی و اصولی و منطقی را از آن جهت می‌آموختم که تدریجاً آمادۀ بررسی اندیشۀ فیلسوفان بزرگ در این مسئله بشوم.» 
مرتضی در سال 1321 به فریمان می‌رود تا برادر کوچک‌تر خود محمدتقی را برای تحصیل راهی قم سازد. در این ایام نیز هر دو برادر، با فقر زندگی می‌کردند. امرارمعاش آن‌ها از راه شهریۀ اندک حوزه بود. محمدتقی از خاطرات آن دوران چنین می‌گوید:
«من مسئول خرج بودم. یک وعده ناهار ما سه ریال می‌شد. اغلب نان و ماست یا حلوا ارده و پنیر و مانند آن‌ها غذایمان بود. گاهی دو سیر گوشت می‌گرفتم و بار می‌گذاشتم و به جلسه درس می‌رفتم و برمی‌گشتم سیب‌زمینی و پیاز می‌ریختم. گاهی هم یادم می‌رفت و می‌سوخت و یا مثلاً آبگوشت بدون نخود و لوبیا می‌خوردیم. گاهی برنج ساده با چهار مثقال روغن حیوانی می‌پختیم و خورش ما نانی بود که در سینی زیر برنج می‌گذاشتیم. یک روز به برادرم گفتم: هیچ پولی نداریم. گفت: همین‌جا بنشین تا من بروم و برگردم. من جلو بالکن مدرسۀ فیضیه ایستاده بودم و می‌دیدم که مرحوم میرزا جواد آقا خندق آبادی سرش پایین است و دور حوض مدرسه می‌چرخد. حدود سه ربع ساعت بعد، برادرم آمد. دو تومان پول قرض کرده بود. گفت: برو چیزی بخر و بیاور بخوریم. گفتم: مثل این‌که میرزا جواد آقا به درد ما دچار است. از وقتی شما رفتید، او همین‌طور دارد دور حوض می‌چرخد. ایشان دوید و رفت پایین و یک تومان به میرزا جواد آقا داد ...
وقتی در قم تحصیل می‌کردیم، من هیچ وقت عبای نو بر دوش ایشان ندیدم تمام عباهایش پاره بود. می‌گفت: نشسته بودیم و با چند نفر صحبت عبا و قیطان‌دوزی بود که چطور قیطان را روی آستین‌ها و پایین عبا می‌دوزند. یک نفر گفت: بیا، مثل این، به عبای من نگاه کرد، دید تکه‌تکه است و اصلاً قیطان ندارد. گفت: آخر این را چطور پوشیده‌ای؟ آن روز من خجالت کشیدم.» در این دوران مطهری مکاسب و کفایه را نزد آیت‌الله سید محمد محقق یزدی، معروف به داماد فرا می‌گیرد. یک سال هم در درس خارج آیت‌الله حجت کوه کمری شرکت می‌جوید. از مظهر آیات عظام سید صدرالدین صدر، محمدتقی خوانساری، گلپایگانی، احمد خوانساری و نجفی مرعشی هم استفاده‌های بسیار می‌برد.
از سال 1323 که آیت‌الله بروجردی از بروجرد عازم قم می‌شود به مدت ده سال از درس‌های فقه و اصول ایشان استفاده می‌کند. در این ایام از درس‌های فلسفه میرزا مهدی آشتیانی نیز بهره می‌برد.
در میان همدرسان، آیت‌الله منتظری بیش از سایرین با مطهری حشر و نشر داشته است. در اکثر درس‌ها با یکدیگر هم مباحثه بودند. به گفته منتظری مدت یازده سال در یک اتاق در مدرسۀ فیضیه زندگی می‌کردند و در تمام امور درسی و حتی مخارج یومیه با یکدیگر همکاری صمیمانه داشتند. 

درس‌های امام خمینی(ره)
از همان آغاز طلبگی، مطهری به درس‌های اخلاق امام خمینی که روزهای پنج‌شنبه و جمعه ارائه می‌شد- راه پیدا می‌کند. پس از تحصیل نیز استادان بزرگ حوزه از امام درخواست می‌کنند تا درس خارج اصول را در حجرۀ ایشان شروع کنند. این درس در ابتدا به‌طور خصوصی برگزار می‌شود، اما به مرور ایشان مشتاقان این درس به حدی زیاد می‌شوند که کلاس درس از آنجا به مسجد بالاسر و سرانجام به مسجد سلماسی انتقال پیدا می‌کند. این درس مدت دوازده سال ادامه می‌یابد. در درس اصول، امام خمینی به نقد و تحلیل آرای بزرگانی چون شیخ انصاری، آخوند خراسانی، آقا ضیاءالدین عراقی و میرزای نائینی می‌پرداخت. به گفتۀ شاگردان این درس، امام بیشتر از نظرات و خود حاج شیخ عبدالکریم حائری دفاع می‌کرد و در این درس، مطهری بیشتر سکوت می‌کرد و اگر هم گاه سخن می‌گفت بسیار سنجیده و کوتاه بود. در عوض آیت‌الله منتظری مصرانه به بحث و گفت‌وگو می‌پرداخت و دائم اشکال می‌کرد. یک‌بار که این بحث به طول می‌انجامد، امام خمینی به مطهری می‌گوید: «یک تومان را به او بده.» آقای واعظ زادۀ خراسانی می‌گوید که من متوجه سخن امام نشدم، بعد از درس، از مطهری سؤال کردم که قصۀ یک تومان چیست؟ مطهری گفت: «از بس رفیقمان صحبت می‌کرد. بالاخره من قرار گذاشتم هر روزی که صحبت نکند، یک تومان به او بدهم. استاد هم از این جریان مطلع شده است.» (11)
دورۀ اول تدریس اصول امام حدود سال 1330 به پایان رسید. در این درس، حدود دویست طلبه شرکت می‌کردند.
مطهری فلسفه را نیز با درس منظومۀ امام آغاز می‌کند. روش امام هم این بوده که تا طلبه‌ای را امتحان نمی‌کرد، به او فلسفه درس نمی‌داد؛ زیرا معتقد بود که اگر کسی استعداد تحصیل فلسفه را نداشته باشد گمراه می‌شود. در آن روزگار که در حوزه برگزاری امتحان رسمی نبود، امام از شاگردان خود برای حضور در درس فلسفه به‌صورت شفاهی امتحان می‌کرد و اگر طلبه‌ای از نظر درک و فهم ضعیف بود و یا اخلاق درستی نمی‌داشت، هرگز او را به کلاس فلسفۀ خود راه نمی‌داد. مطهری دربارۀ اهمیت درس‌های امام خمینی می‌گوید:
«پس از مهاجرت به قم گمشدۀ خود را در شخصیتی دیگر یافتم. همواره مرحوم آقا میرزامهدی را به‌علاوه برخی مزایای دیگر در این شخصیت می‌دیدم. فکر می‌کردم که روح تشنه‌ام از سرچشمه زلال این شخصیت سیراب خواهد شد. اگرچه در آغاز مهاجرت به قم، هنوز از مقدمات فارغ نشده بودم و شایستگی ورود در معقولات را نداشتم، اما درس اخلاقی که به وسیلۀ شخصیت محبوبم در هر پنج‌شنبه و جمعه گفته می‌شد و در حقیقت درس معارف و سیر و سلوک بود، نه اخلاق به مفهوم خشک علمی، مرا سرمست می‌کرد. بدون هیچ اغراق و مبالغه‌ای این درس، مرا آن‌چنان به وجد می‌آورد که تا دوشنبه و سه‌شنبۀ هفتۀ بعد، خودم را شدیداً تحت‌تأثیر آن می‌یافتم. بخش مهمی از شخصیت فکری و روحی من در آن درس و سپس در درس‌های دیگری که در طی دوازده سال از آن استاد الهی فراگرفتم، انعقاد یافت و همواره خود را مدیون او دانسته و می‌دانم. راستی که او «روح قدسی الهی» بود.»در این ایام، درس خصوصی عرفان نیز به وسیلۀ امام تدریس می‌شد که در آن، اشخاصی چون مطهری، منتظری، مرتضی حائری، سید رضا صدر و عبدالجواد فلاطوری شرکت می‌جستند.

شهادت
از دهه پنجاه به بعد، مطهری درگیر مبارزه با جریان‌های فکری منحرف بود. برخی گروه‌ها مانند مجاهدین خلق با اندیشه‌های وی مخالف بودند. در این اواخر یک گروه جدید به نام «فرقان» پیدا شد که شخصیت‌هایی مانند مطهری را خطر بزرگ در جهت ترویج اندیشه‌های خود می‌دانستند به‌ویژه آن‌که در مقدمه چاپ هشتم کتاب «علل گرایش به مادیگری» مطلبی با عنوان «ماتریالیسم در ایران» نگاشته بود و در آن عقاید گروه فرقان و تفسیرهای انحرافی آنان از قرآن را مورد نقد و تحلیل قرار داده بود.
سرانجام این گروه کمر به قتل وی می‌بندند و ایشان را در روز سه‌شنبه 11 اردیبهشت 1358 ساعت ده و بیست دقیقه شب به شهادت می‌رسانند. در محل شهادت اعلامیۀ گروه فرقان پخش شده بود که در آن نوشته بود: «خیانت شخصی مرتضی مطهری در به انحراف کشاندن انقلاب توده‌های خلق بر همه روشن بود، لذا اعدام انقلابی نامبرده انجام پذیرفت.»
چند شب قبل از شهادت، خوابی می‌بیند که آن را برای همسر خود چنین نقل می‌کند:
«الآن خواب دیدم که من و آقای خمینی در خانۀ کعبه مشغول طواف بودیم که ناگهان متوجه شدم حضرت رسول (ص) به سرعت به من نزدیک می‌شوند. همین‌طور که حضرت نزدیک می‌شدند، برای این‌که به آقای خمینی بی‌احترامی نکرده باشم، خودم را کنار کشیدم و به آقای خمینی اشاره کردم و گفتم: یا رسول‌الله! آقا از اولاد شمایند. حضرت رسول (ص) به آقای خمینی نزدیک شدند. با ایشان روبوسی کردند و بعد به من نزدیک شدند و با من روبوسی کردند. بعد لب‌هایشان را بر روی لب‌های من گذاشتند و دیگر برنداشتند و من از شدت شعف از خواب پریدم، به‌طوری که داغی لب‌های حضرت رسول را روی لب‌هایم هنوز حس می‌کنم.»