۱۷ ساله است که برادرش امام رضا (ع) به اجبار از مدینه به مرو برده می‌شود و مأموران با عنوان ولایتعهدی او را به پایتخت خود احضار می‌کند، در این هنگام سال ۲۰۰ هجری است، وداع دردمندانه و پرسوزی که حضرت رضا (ع) هنگام ترک مدینه به سوی مرو انجام می‌دهد، همه را به گریه می‌اندازد، همه می‌دانند که حضرت را پس از این سفر بی‌بازگشت نخواهند دید.

از این رو یک سال نمی‌گذرد که حضرت معصومه (س) همراه تعدای از برادران خویش به شوق دیدار برادرش عزم سفر می‌کند و به قصد خراسان به راه می‌افتد، اما دست تقدیر تدبیر دیگری اندیشیده است به ساوه که می‌رسد، بیمار می‌شود، در برخی نقل‌ها آمده است که میان همراهان آن حضرت و مأموران حکومتی که مخالف اهل بیت (ع) بودند، درگیری می‌شود و بعضی از همراهان کشته می‌شوند.

در ساوه می‌پرسند که فاصله تا قم چقدر است که می‌گویند: ۱۰ فرسخ، می‌خواهد که او را به قم برسانند، چرا که شیعیان قم هواداران اهل بیت (ع) هستند و اشعریان به این خاندان احترام می‌گذارند و او از پدرش موسی بن جعفر (ع) شنیده است که قم مرکز شیعیان ما است.

وقتی به قم می‌رسد عده‌ای از بزرگان و چهره‌های معتبر قمی به استقبال او می‌شتابند، موسی بن خزرج اشعری در پیشاپیش استقبال‌کنندگان است، پیش‌می‌رود و زمام ناقه دختر موسی بن جعفر (ع) را می‌گیرد و او را به طرف خانه خود می‌برد، موسی بن خزرج افتخار آن را دارد که تنها ۱۷ روز از دختر امام پذیرایی کند.

حال این بانو وخیم‌تر می‌شود و در روز ۱۰ ربیع‌الثانی ۲۰۱ هجری چشم از جهان بسته به خانه ابدی آخرت کوچ می‌کند، به دستور موسی بن خزرج او را غسل می‌دهند و کفن می‌کنند و برای خاکسپاری به قطعه زمینی بابلان که متعلق به موسی است، منتقل می‌کنند.

سردابی را حفر کرده‌اند که پیکر این بی‌بی را در آنجا دفن کنند، بر سر اینکه چه کسی بدن مطهر حضرت معصومه را برداشته و وارد قبر کند، میان خاندان و بستگان موسی بن خزرج اختلاف می‌شود، در نهایت تصمیم می‌گیرند که خادم پیر و با ایمان و صالحی که دارند، بدن او را در قبر بگذارند، ولی در همین لحظه چشمشان به دو تک سوار نقابداری می‌خورد که سوی ریگزار به شتاب می‌آیند، چون آن دو سواره به جنازه نزدیک می‌شوند، فرود آمده بر او نماز می‌خوانند و وارد سرداب شده و جنازه را وارد آنجا می‌کنند و به خاک می‌سپارند، سپس بیرون می‌آیند و بی‌آنکه حتی یک کلمه با کسی سخن بگویند می‌روند و کسی نمی‌شناسد که این دو سوار ناشناس کیستند؟

حجت‌الاسلام والمسلمین حسین انصاریان در این رابطه می‌گوید: به خاطر علاقه شدید است که یا بن رسول الله! خواهرتان حضرت معصومه (س) به شما داشتند از مدینه حرکت کردند، آمدند، وارد ایران شدند، راه دور، بیابان‌ها، کویرها، جاده‌ها خواهر شما را از پا درآورد، رسید ساوه، بیمار شد، خانم‌های ساوه به او گفتند اگر وصیتی دارید، حاضریم عمل کنیم، فرمود: مرا به قم برسانید، وارد قم که شد، چند روزی بیشتر زنده نماند و از دنیا رفت. یا بن رسول الله! خواهر شما را درد فراق این طور در مضیقه قرار داد که نرسیده به مرز و شما را ندیده از دنیا رفت، این خواهر شما بود، فقط درد فراق چشید، آن هم فراق یک نفر، اما یا بن رسول الله عمه‌تان زینب (س) چه کردند با این مصائب سنگینی که برایشان پیش آمد؟!